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Extractothèque et Souchothèque ICSN

Extractothèque ICSN

Responsables : M. LITAUDON, C. APEL

L’extractothèque ICSN est une banque d’extraits naturels préparés à partir de plantes supérieures provenant de zones riches en biodiversité (voir Collecte des plantes et micro-organismes associés). Les plantes sont récoltées, identifiées, séchées, broyées et extraites avant d’être envoyées à l’ICSN où les échantillons sont répartis dans des plaques multi-puits afin d’être criblés sur différentes cibles biologiques. L’extractothèque ICSN rassemble ainsi plus de 14 000 extraits préparés à partir de 6 500 plantes. Une base de données lui est associée et permet de gérer les plantes récoltées, les plaques générées et les données relatives aux essais biologiques. Une version simplifiée de cette base est hébergée par la Chimiothèque Nationale et consultable par l’ensemble de la communauté scientifique.

Exemple d’une page extraite de la base de données de l’extractothèque ICSN

Suite aux résultats du criblage biologique, les "hits" sélectionnés font l’objet d’études chimique et biologique au sein de l’ICSN ou dans le cadre de collaborations nationales ou de collaborations avec le secteur privé.

Souchothèque ICSN

Responsable : V. EPARVIER

La souchothèque ICSN est une banque rassemblant plus de 1 000 micro-organismes symbiotiques. L’identification des champignons est réalisée par amplification de la région ITS4 ou ITS1 de l’ADNr et les isolats bactériens sont identifiés sur la base des analyses de séquences 16S d’ADNr. Les séquences sont alignées avec les séquences d’ADN de GenBank, NCBI, en utilisant BLASTN 2.2.28 et sont déposées dans GenBank pour les numéros d’accession. Les souches sont conservées en triplicat à -80°C. À partir de ces souches, des extraits standardisés sont générés par culture sur milieu solide PDA puis extraction à l’acétate d’éthyle. Ces extraits sont ensuite répartis dans des plaques multi-puits afin d’être criblés sur différentes cibles biologiques. Une base de données est associée à la souchothèque ICSN et indique les hôtes à partir desquels les micro-organismes ont été isolés, leurs identifications, les extraits générés, les données relatives aux essais biologiques, et les programmes de recherches pour lesquels chaque souche a été isolée et/ou identifiée. Une partie de ces extraits de micro-organismes est inscrite dans la Chimiothèque Nationale et consultable par l’ensemble de la communauté scientifique.

Exemple d’une page extraite de la base de données de la souchothèque ICSN