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  L’équipement

Equipement lourd

Le laboratoire de cristallochimie de l’ICSN dispose de deux diffractomètres Nonius , chacun équipé d’un générateur de rayons X, Enraf-Nonius FR590, alimentant un tube scellé à foyer fin, et d’un goniomètre de type 4 cercles, à géométrie kappa.

-  Un diffractomètre kappaCCD.

Ce diffractomètre est équipé d’un détecteur CCD 95mm. Il est idéal pour une collecte rapide de données, même à partir de très petits cristaux de l’ordre de 100 µm, avec une source énergétique au Mo minimisant les erreurs liées à l’absorption d’éventuels atomes lourds. Il est piloté par un PC Windows 98 en réseau avec une station de travail PC LINUX pour les enregistrements et le traitement de données ainsi que leur stockage.

-  Un diffractomètre CAD4.

Ce diffractomètre classique est muni d’un détecteur à scintillation et d’une source au Cu. Il enregistre les pics de Bragg de façon séquentielle et est particulièrement adapté pour traiter le cas des cristaux à longs paramètres de maille (≥40 Å). Il est géré par une station O2 (IRIX 6.2).

Le laboratoire possède également :

-  un microscope stéréoscopique WILD M8 avec grossissement (x6 à x50) et lumière polarisée pour le montage des cristaux.

-  trois autres stations de travail SGI (Indy IRIX 5.2, O2 IRIX 6.3, Octane IRIX 6.5) pour la résolution et l’analyse des structures ainsi que les calculs de modélisation.
-  un PC Windows 2000 dédié à la chaîne de programmes WINGX .
-  une Alphastation True Unix.
-  un PowerG5 bi-processeur Apple OS X sur lequel sont opérationnels de nombreux programmes couvrant les différentes étapes menant à la résolution des structures biocristallographiques.

Logiciels utilisés

Logiciels Applications Systèmes d’exploitations
Cristallochimie
Nonius COLLECT Enregistrement des données sur le KappaCCD LINUX
Denzo-SMN Réduction des données d’enregistrement sur le KappaCCD LINUX
Nonius EvalCCD idem LINUX
Nonius MaXus Suite de programmes de la détermination de structures à la mise en forme des résultats LINUX
WINGX idem WINDOWS
DIRDIF Détermination de structures par méthodes de Patterson ou Directes IRIX, WINDOWS
SIR 92, 97, 2002 Suite complète de programmes pour la détermination de (bio-)structures IRIX, WINDOWS
SHELX 86, 93, 97 idem IRIX, OSX, WINDOWS
CRYSTALBUILDER Interface graphique conviviale pour SHELXL97 OSX
PLATON Analyse des structures IRIX, WINDOWS, OSX
R3M, SGR3M Visualisation des (macro)molécules IRIX 5.2
MERCURY Analyses des contacts cristallins IRIX, OSX
ENCIFER Aide à la préparation des fichiers CIF IRIX, OSX
GOLD Etudes de docking protéines-ligands IRIX
CCP4 Suite complète de programmes pour la détermination de biostructures OSX
CNS Autre suite (inclus les données RMN) OSX
SHARP Phasage de bio-structures par dérivation d’atomes lourds OSX
BUSTER/TNT Affinement par maximum de vraisemblance de bio-structures TRUE UNIX
O Visualisation des (macro)molécules OSX
Modélisation
MACROMODEL Mécanique moléculaire IRIX 6.5
MOPAC Mécanique quantique IRIX 6.5
GAUSSIAN98 Mécanique quantique IRIX 6.5
Bases de données Accès
Cambridge structural database 2 licences sous WINDOWS et IRIX
Protein Data Bank Accès via le web
Journaux Accès
ACTA A, B, C Papier ou accès électronique réservé à l’ICSN



Dernière modification : 22 avril 2005

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